Cette première partie du cours de chimie générale regroupe des généralités sur l'atome. Ce cours est destiné aux étudiants de première année sciences de la nature et de la vie. 

Pr BENMEHDI Houcine  

Chapitre I- partie 1.pdfChapitre I- partie 1.pdf

Le fichier word attaché comprend les titres des exposés pour les étudiants concernés. 

thèmes des exposés .docxthèmes des exposés .docx

Cette fiche de TD est destinée aux étudiants de la première année sciences de la nature et de la vie. Elle regroupe cinq exercices sur la cinétique chimique. 

Enseignant: BENMEHDI Houcine   

TD n°6.pdfTD n°6.pdf

Cette fiche de TD regroupe trois exercices sur les équilibres d'oxydo-réductions. 

TD n°5.pdfTD n°5.pdf

Ce cours est destiné aux étudiants de la première année 1 LSNV pour donner à l'étudiant un aperçu général sur les  Lois de Descart et Snell.

Dr. Benachour Elhadj

Les lois de Snell Descartes  -  Optique géométrique - - physique  Présentation II  -    pour dd Version 1      cours  global  benachour .E .pdfLes lois de Snell Descartes - Optique géométrique - - physique Présentation II - pour dd Version 1 cours global benachour .E .pdf

Cours de la troisième année licence en biologie

mecanisme de la catalyse.pdfmecanisme de la catalyse.pdf

Cours de la troisième année licence en biologie

cours cinetique enzymatique.pdfcours cinetique enzymatique.pdf

Cours de la troisième année licence en biologie

cinétique enzymatique.pdfcinétique enzymatique.pdf

Cours pour les master 1 : Biomm et Bioma

Module : Microbiologie industrielle et biotechnologies 

Bioproduction de lacide citrique .docxBioproduction de lacide citrique .docx

La maîtrise de la vitesse d’une réaction chimique revêt une importance capitale dans l’industrie chimique, car elle permet souvent de diminuer considérablement le coût des installations et d’optimiser la fabrication d’un produit par unité de temps. De même l’efficacité de nombreux processus biologiques, tels que la dégradation de l’alcool dans le sang, la décomposition des aliments par la salive et les sucs digestifs ou encore la conversion ATP/ADP, est conditionnée par leur vitesse. Il est donc indispensable de quantifier la vitesse d’une réaction et de connaître les différents facteurs qui influent sur sa valeur.

On peut résumer les objectifs de la cinétique chimique en plusieurs points:

  •  Etudier de la réaction chimique envisagée sous son aspect dynamique.
  •  Savoir définir et déterminer les vitesses de disparition d’un réactif et formation d’un produit.
  •  Savoir définir la vitesse de réaction et la relier aux vitesses de disparition et de formation des différentes espèces.
  •  Connaitre des équations d’évolution temporelle d’un système chimique qui permettent de prévoir la durée nécessaire à sa transformation dans des conditions données.
  • Savoir définir et déterminer l’ordre d’une réaction chimique, la dégénérescence de l’ordre…etc.
Chapitre 9.pdfChapitre 9.pdf

VERSION EN FRANÇAIS DE LA PART 3

DU COVID 19

 

Résultats

Les patients étaient âgés de 0. 56 années (IQR 46 0-67. 0), allant de 18 ans à 87 ans, et la plupart des 813 patients adultes qui ont été hospitalisés à l’hôpital de Jinyintan ou à l’hôpital pulmonaire de Wuhan pour le COVID – 19 avant Janvier 31, 2020.

Après exclusion de 613 patients qui étaient encore hospitalisés ou non confirmés par la détection de l’ARN de SARS-CoV-2 au 31 janvier, 2020, et 09 patients hospitalisés sans informations clés disponibles dans leur dossier médical, nous avons inclus 191 patients hospitalisés (135 de l’hôpital de Jinyintan et 56 de l’hôpital Pulmonaire de Wuhan) en dernière analyse. 

54 patients sont morts pendant l’hospitalisation et 137 ont été libérés. L’âge moyen des 191 patients était 56.0 ans (IQR 46.0-67.0), variant de 18 ans à 87 ans, la majorité des cas furent de sexe masculin (table 1). Des comorbidités ont été présentes chez  presque la moitié des patients, avec une hypertension étant la comorbidité la plus courante, suivie par des diabètes et de la maladie coronarienne (tableau 1).

Les symptômes les plus courants à l’admission ont été la fièvre et la toux, suivis par la production d'expectorations et la fatigue (tableau 1).

Une lymphocytopénie produite dans 77 (40%) de patients. 181 (95%) de patients ont reçu des antibiotiques et 41 (21%) ont reçu des antiviraux (lopinavir/ritonavir ; tableau 2).

L'utilisation systématique de corticostéroïdes et d’injection intraveineuse d'immunoglobulines différaient considérablement entre les morts et les survivants (tableau 2). La comparaison des caractéristiques, du traitement, et des résultats des patients des deux hôpitaux est présentée dans l’annexe (pp. 2-4).

Le temps moyen entre le début de la maladie (c'est-à-dire avant l’admission) et le congé a été de 22. 0 jours (IQR 18. 0-25.0), tandis que le temps moyen jusqu'au décès  était  18.5 jours (15. 0-22. 0, tableau 2).

32 patients ont nécessité d’une ventilation mécanique invasive, dont (97%) morts. Le temps moyen entre le début de la maladie et la ventilation mécanique invasive était de 14. 5 jours (12.0-19. 0).

L’oxygénation de la membrane extracorporelle a été utilisée sur 3 patients, aucun d’entre eux n’a survécu. La septicémie était la complication la plus fréquemment observée, suivie d’un arrêt respiratoire, ARDS SDRA, arrêt cardiaque et d’un choc septique (tableau 2).

La moitié des non-survivants ont connu une infection secondaire, et une pneumonie associée à un ventilateur produite chez 10 (31%) de 32 patients nécessitant une ventilation mécanique invasive. La fréquence des complications ont été plus élevée chez les morts que chez les survivants (tableau 2).

Dans l’analyse univariable, la probabilité de mort chez les patients hospitalisés  a été plus élevée chez les patients atteints de diabète ou de maladie coronarienne (tableau 3). L’âge, la lymphopenie, la leucocytose, et un taux d'ALT élevé, la lactate déshydrogénase, troponine I, l’hyper-sensibilité cardiaque, la creatine kinase, d-dimer, la ferritine sérique, IL-6, le temps prothrombine, la créatinine, et procalcitonine ont été aussi associés à la mort des patients (tableau 3).

Nous avons inclu 171 patients avec des données complètes pour toutes les variables (53 morts et 118 survivants) dans le modèle de régression logistique multivariable. Nous avons trouvé que l’âge avancé, le score SOFA plus élevé, et un d-dimer supérieur à 1 μg/mL à l’admission ont été associés à des probabilités croissantes de décès (tableau 3).

Lors de l’ajustement pour le centre d’étude, notre modèle linéaire généralisé a montré des résultats similaires (annexe p. 5). Pour les survivants, la durée moyenne, de l’extraction virale, a été de 20・0 jours (IQR 17・0–24・0) depuis le début de la maladie, mais le virus a été continuellement détectable jusqu’à la mort (tableau 2; figure 1).

La durée observée la plus courte de l’extraction virale parmi les survivants a été de 8 jours, tandis que la plus longue a été de 37 jours. Parmi 29 patients qui ont reçu lopinavir/ritonavir et ont été libérés, le délai moyen entre l’apparition de la maladie et le début du traitement du traitement antiviral a été 14・0 jours (IQR 10・0–17・0) et la durée moyenne de l’extraction virale a été de 22・0  jours (18・0–24・0).

Le délai médian entre l'apparition de la maladie et la dyspnée était similaire chez les survivants et les non-survivants, avec une durée médiane de dyspnée de 13 ・ 0 jours (9 ・ 0–16 ・ 5) pour les survivants (tableau 2; figure 1).

Chez les survivants, la durée médiane de la fièvre était de 12 ・ 0 jours (8 ・ 0–13 ・ 0) et la toux a persisté pendant 19 ・ 0 jours (IQR 12 ・ 0–23 ・ 0; figure 1).

62 (45%) survivants avaient toujours de la toux au moment du congé et 39 (72%) des non-survivants avaient toujours de la toux au moment du décès. Les profils dynamiques de fièvre, toux et dyspnée sont présentés en annexe (p 6).

La septicémie s'est développée à une médiane de 9 ・ 0 jours (7 ・ 0–13 ・ 0) après le début de la maladie chez tous les patients, suivie d'un SDRA (12 ・ 0 jours [8 ・ 0–15 ・ 0]), d'une lésion cardiaque aiguë (15・ 0 jour [10 ・ 0–17 ・ 0]), lésion rénale aiguë (15 ・ 0 jour [13 ・ 0–19 ・ 5]) et infection secondaire (17 ・ 0 jour [13 ・ 0–19 ・ 0] ).

Le temps d'initiation et la durée de l'utilisation systématique de corticostéroïdes étaient également similaires entre les deux groupes.

Chez les non-survivants, le délai médian entre le début de la maladie était de 10 ・ 0 jours (7 ・ 0–14 ・ 0) à la septicémie, 12 ・ 0 jours (8 ・ 0–15 ・ 0) au SDRA, 14 ・ 5 jours (9・ 5–17 ・ 0) à une lésion cardiaque aiguë et 17 ・ 0 jours (13 ・ 0–19 ・ 0) à une infection secondaire (figure 1; tableau 2).

Parmi les survivants, secondaire  une infection, une lésion rénale aiguë et une lésion cardiaque aiguë ont été observées chez un patient chacune, survenant 9 jours (lésion rénale aiguë), 14 jours (infection secondaire) et 21 jours (lésion cardiaque aiguë) après le début de la maladie.

Le délai médian entre la dyspnée et l'intubation était de 10 ・ 0 jours (IQR 5 ・ 0–12 ・ 5) pour les patients ayant reçu une ventilation mécanique invasive et le temps entre la ventilation mécanique invasive et l'apparition d'une pneumonie associée au ventilateur était de 8 ・ 0 jours  (2 ・ 0 –9 ・ 0; figure 1).

Discussion

Cette étude de cohorte rétrospective a identifié plusieurs facteurs de risque de décès chez les adultes de Wuhan qui ont été hospitalisés avec COVID-19. En particulier, un âge plus avancé, des niveaux de d-dimère supérieurs à 1 μg / mL et un score SOFA plus élevé à l'admission étaient associés à une probabilité plus élevée de décès à l'hôpital. De plus, des taux élevés d'IL-6 dans le sang, de troponine cardiaque haute sensibilité I et de lactate déshydrogénase et une lymphopénie ont été plus fréquemment observés dans les cas graves de COVID-19. Une détection virale soutenue dans des échantillons de gorge a été observée chez les survivants et les non-survivants.

Auparavant, l'âge avancé a été signalé comme un important prédicteur indépendant de la mortalité dans le SRAS et le MERS.14,15 La présente étude a confirmé qu'une augmentation de l'âge était associée au décès chez les patients atteints de COVID-19. Des études antérieures sur des macaques inoculés avec le SRAS-CoV ont montré que les macaques plus âgés avaient des réponses innées de l'hôte plus fortes à l'infection par le virus que les adultes plus jeunes, avec une augmentation de l'expression différentielle des gènes associés à l'inflammation, tandis que l'expression de l'interféro bêta de type I était réduite.16 L'âge des défauts dépendants de la fonction des lymphocytes T et des lymphocytes B et la production excessive de cytokines de type 2 pourraient entraîner une déficience du contrôle de la réplication virale et des réponses pro-inflammatoires plus prolongées, pouvant conduire à de mauvais résultats.17

Le score SOFA est un bon marqueur diagnostique de la septicémie et du choc septique, et reflète l'état et le degré de dysfonctionnement multi-organes.18,19 Bien que les infections bactériennes soient généralement considérées comme la principale cause de septicémie, l'infection virale peut également provoquer un syndrome de septicémie. Auparavant, nous avons déterminé que la septicémie était survenue chez près de 40% des adultes atteints d'une pneumonie d'origine communautaire due à une infection virale.20 Dans l'étude actuelle, nous avons constaté que plus de la moitié des patients développaient une septicémie. De plus, nous avons constaté que plus de 70% des patients avaient un nombre de globules blancs inférieur à 10 ・ 0 × 10⁹ par L ou de procalcitonine inférieure à 0 ・ 25 ng / mL, et aucun agent pathogène bactérien n'a été détecté chez ces patients lors de leur admission. La septicémie était une complication courante, qui pourrait être directement causée par une infection par le SRAS-CoV-2, mais des recherches supplémentaires sont nécessaires pour étudier la pathogenèse de la septicémie dans la maladie à COVID-19.

Les complications cardiaques, y compris l'insuffisance cardiaque nouvelle ou aggravée, l'arythmie nouvelle ou aggravée, ou l'infarctus du myocarde sont courantes chez les patients atteints de pneumonie. Un arrêt cardiaque survient chez environ 3% des patients hospitalisés atteints de pneumonie. 21 Les facteurs de risque d'événements cardiaques après une pneumonie comprennent un âge avancé, des maladies cardiovasculaires préexistantes et une plus grande gravité de la pneumonie à la présentation. 22 Les maladies coronariennes ont également été associées à des événements cardiaques aigus et à de mauvais résultats dans la grippe et d'autres infections virales respiratoires.22-24 Dans cette étude, une augmentation de la troponine cardiaque I à haute sensibilité pendant l'hospitalisation a été observée dans plus 

de la moitié des cas. qui est mort. La première autopsie d'une femme de 53 ans souffrant d'insuffisance rénale chronique à l'hôpital de Jinyintan a montré un infarctus aigu du myocarde (données non publiées; communication personnelle avec un pathologiste de l'Académie chinoise des sciences). Environ 90% des patients hospitalisés atteints de pneumonie avaient une activité de coagulation accrue, marquée par une augmentation des concentrations de d-dimère.25

Dans cette étude, nous avons trouvé qu'un d-dimère supérieur à 1 μg / mL est associé à une issue fatale de COVID-19. Des niveaux élevés de d-dimère ont une association signalée avec une mortalité à 28 jours chez les patients infectés ou septiques identifiés au service des urgences. 26

Les mécanismes contributifs comprennent les réponses systémiques pro-inflammatoires des cytokines qui sont des médiateurs de l'athérosclérose contribuant directement à la rupture de la plaque par l'inflammation locale, l'induction de facteurs procoagulants et les changements hémodynamiques, qui prédisposent à l'ischémie et à la thrombose. 27–29 De plus, l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2, le récepteur du SRAS-CoV-2, est exprimé sur les myocytes et les cellules endothéliales vasculaires 30,31

Il existe donc au moins une possibilité potentielle théorique d'implication cardiaque directe par le virus. Il convient de noter que des infiltrats inflammatoires interstitiels mononucléaires dans le tissu cardiaque ont été documentés dans des cas mortels de COVID-19, bien qu'aucune étude de détection virale n'ait été signalée32.

Le niveau et la durée de la réplication du virus infectieux sont des facteurs importants pour évaluer le risque de transmission et guider les décisions concernant l'isolement des patients. Parce que la détection de l'ARN du coronavirus est plus sensible que l'isolement du virus, la plupart des études ont utilisé des tests qualitatifs ou quantitatifs de l'ARN viral comme marqueur potentiel pour le coronavirus infectieux. Pour le SRAS-CoV, l'ARN viral a été détecté dans des échantillons respiratoires d'environ un tiers des patients aussi longtemps que 4 semaines après le début de la maladie.33

De même, la durée de la détection d'ARN MERS-CoV dans les spécimans des voies respiratoires inférieures a persisté pendant au moins 3 semaines 34. , 35 alors que la durée de détection de l'ARN du SRAS-CoV-2 n'a pas été bien caractérisée. Dans la présente étude, nous avons constaté que l'ARN détectable du SRAS-CoV-2 persistait 

pendant une médiane de 20 jours chez les survivants et qu'il était maintenu jusqu'à la mort chez les non-survivants. Cela a des implications importantes à la fois pour la prise de décision d'isolement des patients et pour les conseils sur la durée du traitement antiviral. Dans l'infection grave par le virus de la grippe, une excrétion virale prolongée était associée à une issue fatale et un traitement antiviral retardé était un facteur de risque indépendant de détection prolongée du virus.36

De même, un traitement antiviral efficace pourrait améliorer les résultats dans COVID-19, bien que nous n'ayons pas observé de raccourcissement de durée de l'excrétion après le traitement par lopinavir / ritonavir dans l'étude actuelle. Des essais cliniques randomisés pour le lopinavir / ritonavir (ChiCTR2000029308) et le remdesivir intraveineux (NCT04257656, NCT04252664) dans le traitement du COVID-19 sont actuellement en cours.

Notre étude a certaines limites. Premièrement, en raison de la conception de l'étude rétrospective, tous les tests de laboratoire n'ont pas été effectués chez tous les patients, y compris la lactate déshydrogénase, l'IL-6 et la ferritine sérique. Par conséquent, leur rôle pourrait être sous-estimé dans la prédiction des décès à l'hôpital. Deuxièmement, les patients étaient parfois transférés tard dans leur maladie vers les deux hôpitaux inclus. Le manque d'antiviraux efficaces, l'adhésion inadéquate à la thérapie de soutien standard et l'utilisation de corticostéroïdes à haute dose pourraient également avoir contribué aux mauvais résultats cliniques chez certains patients. Troisièmement, la durée estimée de l'excrétion virale est limitée par la fréquence de prélèvement d'échantillons respiratoires, le manque de détection quantitative d'ARN viral et le taux positif relativement faible de détection d'ARN du SRAS-CoV-2 dans les écouvillonnages de gorge.37

Quatrièmement, en excluant encore les patients à l'hôpital au 31 janvier 2020, et donc une maladie relativement plus grave à un stade plus précoce, le taux de létalité dans notre étude ne peut pas refléter la véritable mortalité de COVID-19. Enfin et surtout, l'interprétation de nos résultats pourrait être limitée par la taille de l'échantillon Cependant, en incluant tous les patients adultes dans les deux hôpitaux désignés pour COVID-19, nous pensons que notre population d'étude est représentative des cas diagnostiqués et traités à Wuhan.

Au meilleur de nos connaissances, il s'agit de la plus grande étude de cohorte rétrospective parmi les patients atteints de COVID-19 qui ont connu un résultat définitif. Nous avons constaté qu'un âge plus avancé, un score SOFA plus élevé et un d-dimère élevé à l'admission étaient des facteurs de risque de décès de patients adultes atteints de COVID-19. L'excrétion virale prolongée fournit la justification pour tester de nouvelles interventions antivirales contre les coronavirus dans le but d'améliorer les résultats.

Structure des paragraphes résultats et discussion

 

Résultats                                           

L’hospitalisation de patients dont l’âge varie entre 18 ans à 87 ans, affectés par le COVID 19, s’est produite au niveau des 2 hôpitaux de la ville de Wuhan.

Parmi eux, 191 patients hospitalisés ont subi une analyse finale, dont 54 sont décédés et 135 sont guéris.

Les comorbidités de 50% des patients, sont montrés par:

- L’hypertension

- Diabète

- Maladie coranienne

Les symptômes communs présents chez les patients :

- Fièvre

- Toux

- Expectorations

- Fatigue

45% des patients produisent de la lymphocytopénie

95% des patients sont sous antibiotiques

21% des patients sont sous antiviraux (lopinavir/ritonavir)

Cette étude montre des différences de corticostéroïdes et d’injection intraveineuse d'immunoglobulines entre personnes décédées et personnes survivantes.

Le temps moyen de la maladie est de 22jours

Le temps moyen entre le début de la maladie et la ventilation est de 12 jours

Les complications observées sont ;

- La septicémie

- L’arrêt respiratoire

- L’arrêt cardiaque

- Le choc septique

Les probabilités de mortalité sont élevées chez les patients hospitalisés affectés de diabète et de maladie coranienne.

La mort des patients s’est associée à :

- L’âge

- La lymphopenie

- La leucocytose

- Taux d'ALT élevé

- La lactate déshydrogénase –

La troponine I

- L’hyper-sensibilité cardiaque –

 La créatine kinase

- Le d-dimer

- La ferritine sérique, IL-6

- Le temps prothrombine

- La créatinine

- La procalcitonine

- 171 patients à l’admission dans un modèle de régression logistique multivariable, ce sont :

- L’âge avancé

- Le score SOFA plus élevé

- d-dimer supérieur à 1 μg/mL

- Extraction virale a été détectable même chez les patients décédés

- Les patients qui ont reçu lopinavir/ritonavir et ont été libérés

- le durée moyenne de la maladie est de 14jours

- La durée moyenne de l’extraction virale a été de 22 jours

Cette présente :

- Une comparaison entre les paramètres cliniques des survivants et des non-survivants.

- Une comparaison de la durée de la dyspnée entre survivants et non survivants

- Une comparaison de la durée de la toux et la fièvre entre survivants et non survivants, avec comme remarque une persistance de la toux jusqu’à la mort du patient.

- Les durées de septicémie, du SDRA, de la lésion cardiaque aigüe, de la lésion rénale aigüe et de l’infection secondaire.

- La manifestation de la ventilation invasive chez les patients atteints d’une pneumonie

 Discussion

Ce sont des rappels sur les paramètres déterminés pendant l’évolution clinique en particulier chez les cas de décès.

La présente étude a confirmé que l'augmentation de l'âge était associée au décès chez les patients atteints de COVID-19.

Discussion sur une étude de macaques à âge avancé et à âge moins avancé, atteints du SRAS-CoV2, d’où l’infection virale est plus expressive chez les macaques âgés.

Le paramètre Score SOFA est un bon marqueur pour la septicémie, pour le dysfonctionnement des organes.

Il a été constaté que 79% des patients atteints du COVID, souffraient d’une diminution de globules blancs.

L'infarctus du myocarde qui est une complication cardiaque est fréquent chez les patients atteints de pneumonie.

La première autopsie d'une femme de 53 ans avec une insuffisance rénale chronique à l'hôpital Jinyintan a montré infarctus aigu du myocarde (données non publiées; données personnelles communication avec un pathologiste chinois Académie des sciences).

L’augmentation du d-dimère est marqueur de mortalité des patients, donc il y a au moins une possibilité potentielle théorique de l’atteinte cardiaque par le virus.

Les tests d’ARN viral montrent la potentialité des maladies infectieuses par coronavirus.

GLOSSAIRE DE LA PARTIE 3.docxGLOSSAIRE DE LA PARTIE 3.docx

VERSION EN FRANÇAIS DE LA PART 3

DU COVID 19

 

Résultats

Les patients étaient âgés de 0. 56 années (IQR 46 0-67. 0), allant de 18 ans à 87 ans, et la plupart des 813 patients adultes qui ont été hospitalisés à l’hôpital de Jinyintan ou à l’hôpital pulmonaire de Wuhan pour le COVID – 19 avant Janvier 31, 2020.

Après exclusion de 613 patients qui étaient encore hospitalisés ou non confirmés par la détection de l’ARN de SARS-CoV-2 au 31 janvier, 2020, et 09 patients hospitalisés sans informations clés disponibles dans leur dossier médical, nous avons inclus 191 patients hospitalisés (135 de l’hôpital de Jinyintan et 56 de l’hôpital Pulmonaire de Wuhan) en dernière analyse. 

54 patients sont morts pendant l’hospitalisation et 137 ont été libérés. L’âge moyen des 191 patients était 56.0 ans (IQR 46.0-67.0), variant de 18 ans à 87 ans, la majorité des cas furent de sexe masculin (table 1). Des comorbidités ont été présentes chez  presque la moitié des patients, avec une hypertension étant la comorbidité la plus courante, suivie par des diabètes et de la maladie coronarienne (tableau 1).

Les symptômes les plus courants à l’admission ont été la fièvre et la toux, suivis par la production d'expectorations et la fatigue (tableau 1).

Une lymphocytopénie produite dans 77 (40%) de patients. 181 (95%) de patients ont reçu des antibiotiques et 41 (21%) ont reçu des antiviraux (lopinavir/ritonavir ; tableau 2).

L'utilisation systématique de corticostéroïdes et d’injection intraveineuse d'immunoglobulines différaient considérablement entre les morts et les survivants (tableau 2). La comparaison des caractéristiques, du traitement, et des résultats des patients des deux hôpitaux est présentée dans l’annexe (pp. 2-4).

Le temps moyen entre le début de la maladie (c'est-à-dire avant l’admission) et le congé a été de 22. 0 jours (IQR 18. 0-25.0), tandis que le temps moyen jusqu'au décès  était  18.5 jours (15. 0-22. 0, tableau 2).

32 patients ont nécessité d’une ventilation mécanique invasive, dont (97%) morts. Le temps moyen entre le début de la maladie et la ventilation mécanique invasive était de 14. 5 jours (12.0-19. 0).

L’oxygénation de la membrane extracorporelle a été utilisée sur 3 patients, aucun d’entre eux n’a survécu. La septicémie était la complication la plus fréquemment observée, suivie d’un arrêt respiratoire, ARDS SDRA, arrêt cardiaque et d’un choc septique (tableau 2).

La moitié des non-survivants ont connu une infection secondaire, et une pneumonie associée à un ventilateur produite chez 10 (31%) de 32 patients nécessitant une ventilation mécanique invasive. La fréquence des complications ont été plus élevée chez les morts que chez les survivants (tableau 2).

Dans l’analyse univariable, la probabilité de mort chez les patients hospitalisés  a été plus élevée chez les patients atteints de diabète ou de maladie coronarienne (tableau 3). L’âge, la lymphopenie, la leucocytose, et un taux d'ALT élevé, la lactate déshydrogénase, troponine I, l’hyper-sensibilité cardiaque, la creatine kinase, d-dimer, la ferritine sérique, IL-6, le temps prothrombine, la créatinine, et procalcitonine ont été aussi associés à la mort des patients (tableau 3).

Nous avons inclu 171 patients avec des données complètes pour toutes les variables (53 morts et 118 survivants) dans le modèle de régression logistique multivariable. Nous avons trouvé que l’âge avancé, le score SOFA plus élevé, et un d-dimer supérieur à 1 μg/mL à l’admission ont été associés à des probabilités croissantes de décès (tableau 3).

Lors de l’ajustement pour le centre d’étude, notre modèle linéaire généralisé a montré des résultats similaires (annexe p. 5). Pour les survivants, la durée moyenne, de l’extraction virale, a été de 20・0 jours (IQR 17・0–24・0) depuis le début de la maladie, mais le virus a été continuellement détectable jusqu’à la mort (tableau 2; figure 1).

La durée observée la plus courte de l’extraction virale parmi les survivants a été de 8 jours, tandis que la plus longue a été de 37 jours. Parmi 29 patients qui ont reçu lopinavir/ritonavir et ont été libérés, le délai moyen entre l’apparition de la maladie et le début du traitement du traitement antiviral a été 14・0 jours (IQR 10・0–17・0) et la durée moyenne de l’extraction virale a été de 22・0  jours (18・0–24・0).

Le délai médian entre l'apparition de la maladie et la dyspnée était similaire chez les survivants et les non-survivants, avec une durée médiane de dyspnée de 13 ・ 0 jours (9 ・ 0–16 ・ 5) pour les survivants (tableau 2; figure 1).

Chez les survivants, la durée médiane de la fièvre était de 12 ・ 0 jours (8 ・ 0–13 ・ 0) et la toux a persisté pendant 19 ・ 0 jours (IQR 12 ・ 0–23 ・ 0; figure 1).

62 (45%) survivants avaient toujours de la toux au moment du congé et 39 (72%) des non-survivants avaient toujours de la toux au moment du décès. Les profils dynamiques de fièvre, toux et dyspnée sont présentés en annexe (p 6).

La septicémie s'est développée à une médiane de 9 ・ 0 jours (7 ・ 0–13 ・ 0) après le début de la maladie chez tous les patients, suivie d'un SDRA (12 ・ 0 jours [8 ・ 0–15 ・ 0]), d'une lésion cardiaque aiguë (15・ 0 jour [10 ・ 0–17 ・ 0]), lésion rénale aiguë (15 ・ 0 jour [13 ・ 0–19 ・ 5]) et infection secondaire (17 ・ 0 jour [13 ・ 0–19 ・ 0] ).

Le temps d'initiation et la durée de l'utilisation systématique de corticostéroïdes étaient également similaires entre les deux groupes.

Chez les non-survivants, le délai médian entre le début de la maladie était de 10 ・ 0 jours (7 ・ 0–14 ・ 0) à la septicémie, 12 ・ 0 jours (8 ・ 0–15 ・ 0) au SDRA, 14 ・ 5 jours (9・ 5–17 ・ 0) à une lésion cardiaque aiguë et 17 ・ 0 jours (13 ・ 0–19 ・ 0) à une infection secondaire (figure 1; tableau 2).

Parmi les survivants, secondaire  une infection, une lésion rénale aiguë et une lésion cardiaque aiguë ont été observées chez un patient chacune, survenant 9 jours (lésion rénale aiguë), 14 jours (infection secondaire) et 21 jours (lésion cardiaque aiguë) après le début de la maladie.

Le délai médian entre la dyspnée et l'intubation était de 10 ・ 0 jours (IQR 5 ・ 0–12 ・ 5) pour les patients ayant reçu une ventilation mécanique invasive et le temps entre la ventilation mécanique invasive et l'apparition d'une pneumonie associée au ventilateur était de 8 ・ 0 jours  (2 ・ 0 –9 ・ 0; figure 1).

Discussion

Cette étude de cohorte rétrospective a identifié plusieurs facteurs de risque de décès chez les adultes de Wuhan qui ont été hospitalisés avec COVID-19. En particulier, un âge plus avancé, des niveaux de d-dimère supérieurs à 1 μg / mL et un score SOFA plus élevé à l'admission étaient associés à une probabilité plus élevée de décès à l'hôpital. De plus, des taux élevés d'IL-6 dans le sang, de troponine cardiaque haute sensibilité I et de lactate déshydrogénase et une lymphopénie ont été plus fréquemment observés dans les cas graves de COVID-19. Une détection virale soutenue dans des échantillons de gorge a été observée chez les survivants et les non-survivants.

Auparavant, l'âge avancé a été signalé comme un important prédicteur indépendant de la mortalité dans le SRAS et le MERS.14,15 La présente étude a confirmé qu'une augmentation de l'âge était associée au décès chez les patients atteints de COVID-19. Des études antérieures sur des macaques inoculés avec le SRAS-CoV ont montré que les macaques plus âgés avaient des réponses innées de l'hôte plus fortes à l'infection par le virus que les adultes plus jeunes, avec une augmentation de l'expression différentielle des gènes associés à l'inflammation, tandis que l'expression de l'interféro bêta de type I était réduite.16 L'âge des défauts dépendants de la fonction des lymphocytes T et des lymphocytes B et la production excessive de cytokines de type 2 pourraient entraîner une déficience du contrôle de la réplication virale et des réponses pro-inflammatoires plus prolongées, pouvant conduire à de mauvais résultats.17

Le score SOFA est un bon marqueur diagnostique de la septicémie et du choc septique, et reflète l'état et le degré de dysfonctionnement multi-organes.18,19 Bien que les infections bactériennes soient généralement considérées comme la principale cause de septicémie, l'infection virale peut également provoquer un syndrome de septicémie. Auparavant, nous avons déterminé que la septicémie était survenue chez près de 40% des adultes atteints d'une pneumonie d'origine communautaire due à une infection virale.20 Dans l'étude actuelle, nous avons constaté que plus de la moitié des patients développaient une septicémie. De plus, nous avons constaté que plus de 70% des patients avaient un nombre de globules blancs inférieur à 10 ・ 0 × 10⁹ par L ou de procalcitonine inférieure à 0 ・ 25 ng / mL, et aucun agent pathogène bactérien n'a été détecté chez ces patients lors de leur admission. La septicémie était une complication courante, qui pourrait être directement causée par une infection par le SRAS-CoV-2, mais des recherches supplémentaires sont nécessaires pour étudier la pathogenèse de la septicémie dans la maladie à COVID-19.

Les complications cardiaques, y compris l'insuffisance cardiaque nouvelle ou aggravée, l'arythmie nouvelle ou aggravée, ou l'infarctus du myocarde sont courantes chez les patients atteints de pneumonie. Un arrêt cardiaque survient chez environ 3% des patients hospitalisés atteints de pneumonie. 21 Les facteurs de risque d'événements cardiaques après une pneumonie comprennent un âge avancé, des maladies cardiovasculaires préexistantes et une plus grande gravité de la pneumonie à la présentation. 22 Les maladies coronariennes ont également été associées à des événements cardiaques aigus et à de mauvais résultats dans la grippe et d'autres infections virales respiratoires.22-24 Dans cette étude, une augmentation de la troponine cardiaque I à haute sensibilité pendant l'hospitalisation a été observée dans plus 

de la moitié des cas. qui est mort. La première autopsie d'une femme de 53 ans souffrant d'insuffisance rénale chronique à l'hôpital de Jinyintan a montré un infarctus aigu du myocarde (données non publiées; communication personnelle avec un pathologiste de l'Académie chinoise des sciences). Environ 90% des patients hospitalisés atteints de pneumonie avaient une activité de coagulation accrue, marquée par une augmentation des concentrations de d-dimère.25

Dans cette étude, nous avons trouvé qu'un d-dimère supérieur à 1 μg / mL est associé à une issue fatale de COVID-19. Des niveaux élevés de d-dimère ont une association signalée avec une mortalité à 28 jours chez les patients infectés ou septiques identifiés au service des urgences. 26

Les mécanismes contributifs comprennent les réponses systémiques pro-inflammatoires des cytokines qui sont des médiateurs de l'athérosclérose contribuant directement à la rupture de la plaque par l'inflammation locale, l'induction de facteurs procoagulants et les changements hémodynamiques, qui prédisposent à l'ischémie et à la thrombose. 27–29 De plus, l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2, le récepteur du SRAS-CoV-2, est exprimé sur les myocytes et les cellules endothéliales vasculaires 30,31

Il existe donc au moins une possibilité potentielle théorique d'implication cardiaque directe par le virus. Il convient de noter que des infiltrats inflammatoires interstitiels mononucléaires dans le tissu cardiaque ont été documentés dans des cas mortels de COVID-19, bien qu'aucune étude de détection virale n'ait été signalée32.

Le niveau et la durée de la réplication du virus infectieux sont des facteurs importants pour évaluer le risque de transmission et guider les décisions concernant l'isolement des patients. Parce que la détection de l'ARN du coronavirus est plus sensible que l'isolement du virus, la plupart des études ont utilisé des tests qualitatifs ou quantitatifs de l'ARN viral comme marqueur potentiel pour le coronavirus infectieux. Pour le SRAS-CoV, l'ARN viral a été détecté dans des échantillons respiratoires d'environ un tiers des patients aussi longtemps que 4 semaines après le début de la maladie.33

De même, la durée de la détection d'ARN MERS-CoV dans les spécimans des voies respiratoires inférieures a persisté pendant au moins 3 semaines 34. , 35 alors que la durée de détection de l'ARN du SRAS-CoV-2 n'a pas été bien caractérisée. Dans la présente étude, nous avons constaté que l'ARN détectable du SRAS-CoV-2 persistait 

pendant une médiane de 20 jours chez les survivants et qu'il était maintenu jusqu'à la mort chez les non-survivants. Cela a des implications importantes à la fois pour la prise de décision d'isolement des patients et pour les conseils sur la durée du traitement antiviral. Dans l'infection grave par le virus de la grippe, une excrétion virale prolongée était associée à une issue fatale et un traitement antiviral retardé était un facteur de risque indépendant de détection prolongée du virus.36

De même, un traitement antiviral efficace pourrait améliorer les résultats dans COVID-19, bien que nous n'ayons pas observé de raccourcissement de durée de l'excrétion après le traitement par lopinavir / ritonavir dans l'étude actuelle. Des essais cliniques randomisés pour le lopinavir / ritonavir (ChiCTR2000029308) et le remdesivir intraveineux (NCT04257656, NCT04252664) dans le traitement du COVID-19 sont actuellement en cours.

Notre étude a certaines limites. Premièrement, en raison de la conception de l'étude rétrospective, tous les tests de laboratoire n'ont pas été effectués chez tous les patients, y compris la lactate déshydrogénase, l'IL-6 et la ferritine sérique. Par conséquent, leur rôle pourrait être sous-estimé dans la prédiction des décès à l'hôpital. Deuxièmement, les patients étaient parfois transférés tard dans leur maladie vers les deux hôpitaux inclus. Le manque d'antiviraux efficaces, l'adhésion inadéquate à la thérapie de soutien standard et l'utilisation de corticostéroïdes à haute dose pourraient également avoir contribué aux mauvais résultats cliniques chez certains patients. Troisièmement, la durée estimée de l'excrétion virale est limitée par la fréquence de prélèvement d'échantillons respiratoires, le manque de détection quantitative d'ARN viral et le taux positif relativement faible de détection d'ARN du SRAS-CoV-2 dans les écouvillonnages de gorge.37

Quatrièmement, en excluant encore les patients à l'hôpital au 31 janvier 2020, et donc une maladie relativement plus grave à un stade plus précoce, le taux de létalité dans notre étude ne peut pas refléter la véritable mortalité de COVID-19. Enfin et surtout, l'interprétation de nos résultats pourrait être limitée par la taille de l'échantillon Cependant, en incluant tous les patients adultes dans les deux hôpitaux désignés pour COVID-19, nous pensons que notre population d'étude est représentative des cas diagnostiqués et traités à Wuhan.

Au meilleur de nos connaissances, il s'agit de la plus grande étude de cohorte rétrospective parmi les patients atteints de COVID-19 qui ont connu un résultat définitif. Nous avons constaté qu'un âge plus avancé, un score SOFA plus élevé et un d-dimère élevé à l'admission étaient des facteurs de risque de décès de patients adultes atteints de COVID-19. L'excrétion virale prolongée fournit la justification pour tester de nouvelles interventions antivirales contre les coronavirus dans le but d'améliorer les résultats.

Structure des paragraphes résultats et discussion

 

Résultats                                           

L’hospitalisation de patients dont l’âge varie entre 18 ans à 87 ans, affectés par le COVID 19, s’est produite au niveau des 2 hôpitaux de la ville de Wuhan.

Parmi eux, 191 patients hospitalisés ont subi une analyse finale, dont 54 sont décédés et 135 sont guéris.

Les comorbidités de 50% des patients, sont montrés par:

- L’hypertension

- Diabète

- Maladie coranienne

Les symptômes communs présents chez les patients :

- Fièvre

- Toux

- Expectorations

- Fatigue

45% des patients produisent de la lymphocytopénie

95% des patients sont sous antibiotiques

21% des patients sont sous antiviraux (lopinavir/ritonavir)

Cette étude montre des différences de corticostéroïdes et d’injection intraveineuse d'immunoglobulines entre personnes décédées et personnes survivantes.

Le temps moyen de la maladie est de 22jours

Le temps moyen entre le début de la maladie et la ventilation est de 12 jours

Les complications observées sont ;

- La septicémie

- L’arrêt respiratoire

- L’arrêt cardiaque

- Le choc septique

Les probabilités de mortalité sont élevées chez les patients hospitalisés affectés de diabète et de maladie coranienne.

La mort des patients s’est associée à :

- L’âge

- La lymphopenie

- La leucocytose

- Taux d'ALT élevé

- La lactate déshydrogénase –

La troponine I

- L’hyper-sensibilité cardiaque –

 La créatine kinase

- Le d-dimer

- La ferritine sérique, IL-6

- Le temps prothrombine

- La créatinine

- La procalcitonine

- 171 patients à l’admission dans un modèle de régression logistique multivariable, ce sont :

- L’âge avancé

- Le score SOFA plus élevé

- d-dimer supérieur à 1 μg/mL

- Extraction virale a été détectable même chez les patients décédés

- Les patients qui ont reçu lopinavir/ritonavir et ont été libérés

- le durée moyenne de la maladie est de 14jours

- La durée moyenne de l’extraction virale a été de 22 jours

Cette présente :

- Une comparaison entre les paramètres cliniques des survivants et des non-survivants.

- Une comparaison de la durée de la dyspnée entre survivants et non survivants

- Une comparaison de la durée de la toux et la fièvre entre survivants et non survivants, avec comme remarque une persistance de la toux jusqu’à la mort du patient.

- Les durées de septicémie, du SDRA, de la lésion cardiaque aigüe, de la lésion rénale aigüe et de l’infection secondaire.

- La manifestation de la ventilation invasive chez les patients atteints d’une pneumonie

 Discussion

Ce sont des rappels sur les paramètres déterminés pendant l’évolution clinique en particulier chez les cas de décès.

La présente étude a confirmé que l'augmentation de l'âge était associée au décès chez les patients atteints de COVID-19.

Discussion sur une étude de macaques à âge avancé et à âge moins avancé, atteints du SRAS-CoV2, d’où l’infection virale est plus expressive chez les macaques âgés.

Le paramètre Score SOFA est un bon marqueur pour la septicémie, pour le dysfonctionnement des organes.

Il a été constaté que 79% des patients atteints du COVID, souffraient d’une diminution de globules blancs.

L'infarctus du myocarde qui est une complication cardiaque est fréquent chez les patients atteints de pneumonie.

La première autopsie d'une femme de 53 ans avec une insuffisance rénale chronique à l'hôpital Jinyintan a montré infarctus aigu du myocarde (données non publiées; données personnelles communication avec un pathologiste chinois Académie des sciences).

L’augmentation du d-dimère est marqueur de mortalité des patients, donc il y a au moins une possibilité potentielle théorique de l’atteinte cardiaque par le virus.

Les tests d’ARN viral montrent la potentialité des maladies infectieuses par coronavirus.

GLOSSAIRE DE LA PARTIE 3.docxGLOSSAIRE DE LA PARTIE 3.docx

VERSION EN FRANÇAIS DE LA PART 3

DU COVID 19

 

Résultats

Les patients étaient âgés de 0. 56 années (IQR 46 0-67. 0), allant de 18 ans à 87 ans, et la plupart des 813 patients adultes qui ont été hospitalisés à l’hôpital de Jinyintan ou à l’hôpital pulmonaire de Wuhan pour le COVID – 19 avant Janvier 31, 2020.

Après exclusion de 613 patients qui étaient encore hospitalisés ou non confirmés par la détection de l’ARN de SARS-CoV-2 au 31 janvier, 2020, et 09 patients hospitalisés sans informations clés disponibles dans leur dossier médical, nous avons inclus 191 patients hospitalisés (135 de l’hôpital de Jinyintan et 56 de l’hôpital Pulmonaire de Wuhan) en dernière analyse. 

54 patients sont morts pendant l’hospitalisation et 137 ont été libérés. L’âge moyen des 191 patients était 56.0 ans (IQR 46.0-67.0), variant de 18 ans à 87 ans, la majorité des cas furent de sexe masculin (table 1). Des comorbidités ont été présentes chez  presque la moitié des patients, avec une hypertension étant la comorbidité la plus courante, suivie par des diabètes et de la maladie coronarienne (tableau 1).

Les symptômes les plus courants à l’admission ont été la fièvre et la toux, suivis par la production d'expectorations et la fatigue (tableau 1).

Une lymphocytopénie produite dans 77 (40%) de patients. 181 (95%) de patients ont reçu des antibiotiques et 41 (21%) ont reçu des antiviraux (lopinavir/ritonavir ; tableau 2).

L'utilisation systématique de corticostéroïdes et d’injection intraveineuse d'immunoglobulines différaient considérablement entre les morts et les survivants (tableau 2). La comparaison des caractéristiques, du traitement, et des résultats des patients des deux hôpitaux est présentée dans l’annexe (pp. 2-4).

Le temps moyen entre le début de la maladie (c'est-à-dire avant l’admission) et le congé a été de 22. 0 jours (IQR 18. 0-25.0), tandis que le temps moyen jusqu'au décès  était  18.5 jours (15. 0-22. 0, tableau 2).

32 patients ont nécessité d’une ventilation mécanique invasive, dont (97%) morts. Le temps moyen entre le début de la maladie et la ventilation mécanique invasive était de 14. 5 jours (12.0-19. 0).

L’oxygénation de la membrane extracorporelle a été utilisée sur 3 patients, aucun d’entre eux n’a survécu. La septicémie était la complication la plus fréquemment observée, suivie d’un arrêt respiratoire, ARDS SDRA, arrêt cardiaque et d’un choc septique (tableau 2).

La moitié des non-survivants ont connu une infection secondaire, et une pneumonie associée à un ventilateur produite chez 10 (31%) de 32 patients nécessitant une ventilation mécanique invasive. La fréquence des complications ont été plus élevée chez les morts que chez les survivants (tableau 2).

Dans l’analyse univariable, la probabilité de mort chez les patients hospitalisés  a été plus élevée chez les patients atteints de diabète ou de maladie coronarienne (tableau 3). L’âge, la lymphopenie, la leucocytose, et un taux d'ALT élevé, la lactate déshydrogénase, troponine I, l’hyper-sensibilité cardiaque, la creatine kinase, d-dimer, la ferritine sérique, IL-6, le temps prothrombine, la créatinine, et procalcitonine ont été aussi associés à la mort des patients (tableau 3).

Nous avons inclu 171 patients avec des données complètes pour toutes les variables (53 morts et 118 survivants) dans le modèle de régression logistique multivariable. Nous avons trouvé que l’âge avancé, le score SOFA plus élevé, et un d-dimer supérieur à 1 μg/mL à l’admission ont été associés à des probabilités croissantes de décès (tableau 3).

Lors de l’ajustement pour le centre d’étude, notre modèle linéaire généralisé a montré des résultats similaires (annexe p. 5). Pour les survivants, la durée moyenne, de l’extraction virale, a été de 20・0 jours (IQR 17・0–24・0) depuis le début de la maladie, mais le virus a été continuellement détectable jusqu’à la mort (tableau 2; figure 1).

La durée observée la plus courte de l’extraction virale parmi les survivants a été de 8 jours, tandis que la plus longue a été de 37 jours. Parmi 29 patients qui ont reçu lopinavir/ritonavir et ont été libérés, le délai moyen entre l’apparition de la maladie et le début du traitement du traitement antiviral a été 14・0 jours (IQR 10・0–17・0) et la durée moyenne de l’extraction virale a été de 22・0  jours (18・0–24・0).

Le délai médian entre l'apparition de la maladie et la dyspnée était similaire chez les survivants et les non-survivants, avec une durée médiane de dyspnée de 13 ・ 0 jours (9 ・ 0–16 ・ 5) pour les survivants (tableau 2; figure 1).

Chez les survivants, la durée médiane de la fièvre était de 12 ・ 0 jours (8 ・ 0–13 ・ 0) et la toux a persisté pendant 19 ・ 0 jours (IQR 12 ・ 0–23 ・ 0; figure 1).

62 (45%) survivants avaient toujours de la toux au moment du congé et 39 (72%) des non-survivants avaient toujours de la toux au moment du décès. Les profils dynamiques de fièvre, toux et dyspnée sont présentés en annexe (p 6).

La septicémie s'est développée à une médiane de 9 ・ 0 jours (7 ・ 0–13 ・ 0) après le début de la maladie chez tous les patients, suivie d'un SDRA (12 ・ 0 jours [8 ・ 0–15 ・ 0]), d'une lésion cardiaque aiguë (15・ 0 jour [10 ・ 0–17 ・ 0]), lésion rénale aiguë (15 ・ 0 jour [13 ・ 0–19 ・ 5]) et infection secondaire (17 ・ 0 jour [13 ・ 0–19 ・ 0] ).

Le temps d'initiation et la durée de l'utilisation systématique de corticostéroïdes étaient également similaires entre les deux groupes.

Chez les non-survivants, le délai médian entre le début de la maladie était de 10 ・ 0 jours (7 ・ 0–14 ・ 0) à la septicémie, 12 ・ 0 jours (8 ・ 0–15 ・ 0) au SDRA, 14 ・ 5 jours (9・ 5–17 ・ 0) à une lésion cardiaque aiguë et 17 ・ 0 jours (13 ・ 0–19 ・ 0) à une infection secondaire (figure 1; tableau 2).

Parmi les survivants, secondaire  une infection, une lésion rénale aiguë et une lésion cardiaque aiguë ont été observées chez un patient chacune, survenant 9 jours (lésion rénale aiguë), 14 jours (infection secondaire) et 21 jours (lésion cardiaque aiguë) après le début de la maladie.

Le délai médian entre la dyspnée et l'intubation était de 10 ・ 0 jours (IQR 5 ・ 0–12 ・ 5) pour les patients ayant reçu une ventilation mécanique invasive et le temps entre la ventilation mécanique invasive et l'apparition d'une pneumonie associée au ventilateur était de 8 ・ 0 jours  (2 ・ 0 –9 ・ 0; figure 1).

Discussion

Cette étude de cohorte rétrospective a identifié plusieurs facteurs de risque de décès chez les adultes de Wuhan qui ont été hospitalisés avec COVID-19. En particulier, un âge plus avancé, des niveaux de d-dimère supérieurs à 1 μg / mL et un score SOFA plus élevé à l'admission étaient associés à une probabilité plus élevée de décès à l'hôpital. De plus, des taux élevés d'IL-6 dans le sang, de troponine cardiaque haute sensibilité I et de lactate déshydrogénase et une lymphopénie ont été plus fréquemment observés dans les cas graves de COVID-19. Une détection virale soutenue dans des échantillons de gorge a été observée chez les survivants et les non-survivants.

Auparavant, l'âge avancé a été signalé comme un important prédicteur indépendant de la mortalité dans le SRAS et le MERS.14,15 La présente étude a confirmé qu'une augmentation de l'âge était associée au décès chez les patients atteints de COVID-19. Des études antérieures sur des macaques inoculés avec le SRAS-CoV ont montré que les macaques plus âgés avaient des réponses innées de l'hôte plus fortes à l'infection par le virus que les adultes plus jeunes, avec une augmentation de l'expression différentielle des gènes associés à l'inflammation, tandis que l'expression de l'interféro bêta de type I était réduite.16 L'âge des défauts dépendants de la fonction des lymphocytes T et des lymphocytes B et la production excessive de cytokines de type 2 pourraient entraîner une déficience du contrôle de la réplication virale et des réponses pro-inflammatoires plus prolongées, pouvant conduire à de mauvais résultats.17

Le score SOFA est un bon marqueur diagnostique de la septicémie et du choc septique, et reflète l'état et le degré de dysfonctionnement multi-organes.18,19 Bien que les infections bactériennes soient généralement considérées comme la principale cause de septicémie, l'infection virale peut également provoquer un syndrome de septicémie. Auparavant, nous avons déterminé que la septicémie était survenue chez près de 40% des adultes atteints d'une pneumonie d'origine communautaire due à une infection virale.20 Dans l'étude actuelle, nous avons constaté que plus de la moitié des patients développaient une septicémie. De plus, nous avons constaté que plus de 70% des patients avaient un nombre de globules blancs inférieur à 10 ・ 0 × 10⁹ par L ou de procalcitonine inférieure à 0 ・ 25 ng / mL, et aucun agent pathogène bactérien n'a été détecté chez ces patients lors de leur admission. La septicémie était une complication courante, qui pourrait être directement causée par une infection par le SRAS-CoV-2, mais des recherches supplémentaires sont nécessaires pour étudier la pathogenèse de la septicémie dans la maladie à COVID-19.

Les complications cardiaques, y compris l'insuffisance cardiaque nouvelle ou aggravée, l'arythmie nouvelle ou aggravée, ou l'infarctus du myocarde sont courantes chez les patients atteints de pneumonie. Un arrêt cardiaque survient chez environ 3% des patients hospitalisés atteints de pneumonie. 21 Les facteurs de risque d'événements cardiaques après une pneumonie comprennent un âge avancé, des maladies cardiovasculaires préexistantes et une plus grande gravité de la pneumonie à la présentation. 22 Les maladies coronariennes ont également été associées à des événements cardiaques aigus et à de mauvais résultats dans la grippe et d'autres infections virales respiratoires.22-24 Dans cette étude, une augmentation de la troponine cardiaque I à haute sensibilité pendant l'hospitalisation a été observée dans plus 

de la moitié des cas. qui est mort. La première autopsie d'une femme de 53 ans souffrant d'insuffisance rénale chronique à l'hôpital de Jinyintan a montré un infarctus aigu du myocarde (données non publiées; communication personnelle avec un pathologiste de l'Académie chinoise des sciences). Environ 90% des patients hospitalisés atteints de pneumonie avaient une activité de coagulation accrue, marquée par une augmentation des concentrations de d-dimère.25

Dans cette étude, nous avons trouvé qu'un d-dimère supérieur à 1 μg / mL est associé à une issue fatale de COVID-19. Des niveaux élevés de d-dimère ont une association signalée avec une mortalité à 28 jours chez les patients infectés ou septiques identifiés au service des urgences. 26

Les mécanismes contributifs comprennent les réponses systémiques pro-inflammatoires des cytokines qui sont des médiateurs de l'athérosclérose contribuant directement à la rupture de la plaque par l'inflammation locale, l'induction de facteurs procoagulants et les changements hémodynamiques, qui prédisposent à l'ischémie et à la thrombose. 27–29 De plus, l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2, le récepteur du SRAS-CoV-2, est exprimé sur les myocytes et les cellules endothéliales vasculaires 30,31

Il existe donc au moins une possibilité potentielle théorique d'implication cardiaque directe par le virus. Il convient de noter que des infiltrats inflammatoires interstitiels mononucléaires dans le tissu cardiaque ont été documentés dans des cas mortels de COVID-19, bien qu'aucune étude de détection virale n'ait été signalée32.

Le niveau et la durée de la réplication du virus infectieux sont des facteurs importants pour évaluer le risque de transmission et guider les décisions concernant l'isolement des patients. Parce que la détection de l'ARN du coronavirus est plus sensible que l'isolement du virus, la plupart des études ont utilisé des tests qualitatifs ou quantitatifs de l'ARN viral comme marqueur potentiel pour le coronavirus infectieux. Pour le SRAS-CoV, l'ARN viral a été détecté dans des échantillons respiratoires d'environ un tiers des patients aussi longtemps que 4 semaines après le début de la maladie.33

De même, la durée de la détection d'ARN MERS-CoV dans les spécimans des voies respiratoires inférieures a persisté pendant au moins 3 semaines 34. , 35 alors que la durée de détection de l'ARN du SRAS-CoV-2 n'a pas été bien caractérisée. Dans la présente étude, nous avons constaté que l'ARN détectable du SRAS-CoV-2 persistait 

pendant une médiane de 20 jours chez les survivants et qu'il était maintenu jusqu'à la mort chez les non-survivants. Cela a des implications importantes à la fois pour la prise de décision d'isolement des patients et pour les conseils sur la durée du traitement antiviral. Dans l'infection grave par le virus de la grippe, une excrétion virale prolongée était associée à une issue fatale et un traitement antiviral retardé était un facteur de risque indépendant de détection prolongée du virus.36

De même, un traitement antiviral efficace pourrait améliorer les résultats dans COVID-19, bien que nous n'ayons pas observé de raccourcissement de durée de l'excrétion après le traitement par lopinavir / ritonavir dans l'étude actuelle. Des essais cliniques randomisés pour le lopinavir / ritonavir (ChiCTR2000029308) et le remdesivir intraveineux (NCT04257656, NCT04252664) dans le traitement du COVID-19 sont actuellement en cours.

Notre étude a certaines limites. Premièrement, en raison de la conception de l'étude rétrospective, tous les tests de laboratoire n'ont pas été effectués chez tous les patients, y compris la lactate déshydrogénase, l'IL-6 et la ferritine sérique. Par conséquent, leur rôle pourrait être sous-estimé dans la prédiction des décès à l'hôpital. Deuxièmement, les patients étaient parfois transférés tard dans leur maladie vers les deux hôpitaux inclus. Le manque d'antiviraux efficaces, l'adhésion inadéquate à la thérapie de soutien standard et l'utilisation de corticostéroïdes à haute dose pourraient également avoir contribué aux mauvais résultats cliniques chez certains patients. Troisièmement, la durée estimée de l'excrétion virale est limitée par la fréquence de prélèvement d'échantillons respiratoires, le manque de détection quantitative d'ARN viral et le taux positif relativement faible de détection d'ARN du SRAS-CoV-2 dans les écouvillonnages de gorge.37

Quatrièmement, en excluant encore les patients à l'hôpital au 31 janvier 2020, et donc une maladie relativement plus grave à un stade plus précoce, le taux de létalité dans notre étude ne peut pas refléter la véritable mortalité de COVID-19. Enfin et surtout, l'interprétation de nos résultats pourrait être limitée par la taille de l'échantillon Cependant, en incluant tous les patients adultes dans les deux hôpitaux désignés pour COVID-19, nous pensons que notre population d'étude est représentative des cas diagnostiqués et traités à Wuhan.

Au meilleur de nos connaissances, il s'agit de la plus grande étude de cohorte rétrospective parmi les patients atteints de COVID-19 qui ont connu un résultat définitif. Nous avons constaté qu'un âge plus avancé, un score SOFA plus élevé et un d-dimère élevé à l'admission étaient des facteurs de risque de décès de patients adultes atteints de COVID-19. L'excrétion virale prolongée fournit la justification pour tester de nouvelles interventions antivirales contre les coronavirus dans le but d'améliorer les résultats.

Structure des paragraphes résultats et discussion

 

Résultats                                           

L’hospitalisation de patients dont l’âge varie entre 18 ans à 87 ans, affectés par le COVID 19, s’est produite au niveau des 2 hôpitaux de la ville de Wuhan.

Parmi eux, 191 patients hospitalisés ont subi une analyse finale, dont 54 sont décédés et 135 sont guéris.

Les comorbidités de 50% des patients, sont montrés par:

- L’hypertension

- Diabète

- Maladie coranienne

Les symptômes communs présents chez les patients :

- Fièvre

- Toux

- Expectorations

- Fatigue

45% des patients produisent de la lymphocytopénie

95% des patients sont sous antibiotiques

21% des patients sont sous antiviraux (lopinavir/ritonavir)

Cette étude montre des différences de corticostéroïdes et d’injection intraveineuse d'immunoglobulines entre personnes décédées et personnes survivantes.

Le temps moyen de la maladie est de 22jours

Le temps moyen entre le début de la maladie et la ventilation est de 12 jours

Les complications observées sont ;

- La septicémie

- L’arrêt respiratoire

- L’arrêt cardiaque

- Le choc septique

Les probabilités de mortalité sont élevées chez les patients hospitalisés affectés de diabète et de maladie coranienne.

La mort des patients s’est associée à :

- L’âge

- La lymphopenie

- La leucocytose

- Taux d'ALT élevé

- La lactate déshydrogénase –

La troponine I

- L’hyper-sensibilité cardiaque –

 La créatine kinase

- Le d-dimer

- La ferritine sérique, IL-6

- Le temps prothrombine

- La créatinine

- La procalcitonine

- 171 patients à l’admission dans un modèle de régression logistique multivariable, ce sont :

- L’âge avancé

- Le score SOFA plus élevé

- d-dimer supérieur à 1 μg/mL

- Extraction virale a été détectable même chez les patients décédés

- Les patients qui ont reçu lopinavir/ritonavir et ont été libérés

- le durée moyenne de la maladie est de 14jours

- La durée moyenne de l’extraction virale a été de 22 jours

Cette présente :

- Une comparaison entre les paramètres cliniques des survivants et des non-survivants.

- Une comparaison de la durée de la dyspnée entre survivants et non survivants

- Une comparaison de la durée de la toux et la fièvre entre survivants et non survivants, avec comme remarque une persistance de la toux jusqu’à la mort du patient.

- Les durées de septicémie, du SDRA, de la lésion cardiaque aigüe, de la lésion rénale aigüe et de l’infection secondaire.

- La manifestation de la ventilation invasive chez les patients atteints d’une pneumonie

 Discussion

Ce sont des rappels sur les paramètres déterminés pendant l’évolution clinique en particulier chez les cas de décès.

La présente étude a confirmé que l'augmentation de l'âge était associée au décès chez les patients atteints de COVID-19.

Discussion sur une étude de macaques à âge avancé et à âge moins avancé, atteints du SRAS-CoV2, d’où l’infection virale est plus expressive chez les macaques âgés.

Le paramètre Score SOFA est un bon marqueur pour la septicémie, pour le dysfonctionnement des organes.

Il a été constaté que 79% des patients atteints du COVID, souffraient d’une diminution de globules blancs.

L'infarctus du myocarde qui est une complication cardiaque est fréquent chez les patients atteints de pneumonie.

La première autopsie d'une femme de 53 ans avec une insuffisance rénale chronique à l'hôpital Jinyintan a montré infarctus aigu du myocarde (données non publiées; données personnelles communication avec un pathologiste chinois Académie des sciences).

L’augmentation du d-dimère est marqueur de mortalité des patients, donc il y a au moins une possibilité potentielle théorique de l’atteinte cardiaque par le virus.

Les tests d’ARN viral montrent la potentialité des maladies infectieuses par coronavirus.

GLOSSAIRE DE LA PARTIE 3.docxGLOSSAIRE DE LA PARTIE 3.docx

Le module techniques cellulaires et moléculaires est devisé en peux parties. La première partie c’est une introduction aux méthodes et techniques microbiennes cellulaires et des approches expérimentales. La deuxième partie qui traite la génétique moléculaire, où depuis leur apparition dans les années 1960, les techniques du génie génétique ont connu un développement exponentiel, et leur évolution ne cesse de repousser les limites de la biotechnologie.

Nous nous intéresserons dans ce module aux méthodes et techniques actuelles dans le domaine de la biologie moléculaire. Nous traitons des outils et des instruments de la biologie moléculaire comme les enzymes de restriction, la réaction en chaîne par polymérase. On trouve aussi une description bien plus complète des concepts, méthodes et techniques courantes et modernes les plus couramment utilisées en génétique moléculaire telles que le clonage d'expressions, l'électrophorèse, transfert sur membranes, puces à ADN et banque à ADN.

TCM 2.2 cours.pdfTCM 2.2 cours.pdf

Les phénomènes de solubilité et précipitation des produits solides nommé couramment équilibres de précipitation  sont très étudiés en chimie des solutions. Ce chapitre est réservé à l’étude de ces deux phénomènes via la détermination de l’équation de solubilité, produit de solubilité et l’étude en particulier les paramètres influençant la solubilité à savoir : la nature du solvant et du soluté, la température, la pression , l’effet d’ion commun, le pH et la complexation.

Chapitre 8.pdfChapitre 8.pdf

Cours au profit des Master 1, BIOMM et BIOMA

Module : Microbiologie industrielle 

Chapitre 2: Procédés de fermentation et bioréacteurs 

Procédés de fermentation et bioréacteurs.docxProcédés de fermentation et bioréacteurs.docx